Выпуск 1330 2024-05-18 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны, уходят в тень и  меркнут чудеса ... Создаём программу Binary_SS для корреляционного анализа. Часть 17.  Предыдущая часть    16 May 2024 16:42 Программист: Здравствуйте, Александр! Завтра будет уже готова новая версия, которая работает с helix.txt файлами и обрабатывает их несколькими способами, в зависимости от их содержимого, как мы обговаривали ранее. 17 May 2024 15:40 Программист: В файлах HELIX.txt не должно быть пустых строк, как, например, в папках 306-308. пустая строка, а потом символ "F". Надо поправить такие файлы, убрать пустую строку. Программа не сможет их корректно обработать, там и так логика работы с этими файлами перегружена уже. Есть варианты пустого файла, многострочных (папка 316, например) и однострочного. Программа воспринимает файлы, с пустой строкой в начале как многострочные. В файле HELIX.txt из папки 00310 неправильный формат файла: 209 657 F Такие файлы надо задавать вот так: F 209 657 Как это сделано для папки 00316. только это частный случай, когда у нас одна строка. При составлении этих файлов надо придерживаться правил, что мы ранее обговаривали. Чтобы программа смогла корректно распарсить файл. Вот эти правила: ... Править придется немного файлов. для папок: 00306 - 00308, 00310 Остальные, вроде, все корректно заданы 15:57 Александр Кушелев: Не проблема. Да, я исправлю Да, это понятно Я все файлы исправлю. Это не проблема. 16:03 Исправил. Но желательно, чтобы программа сообщала причину, почему она не обрабатывает файлы в очередной папке. Чтобы долго не гадать :) 16:20 Программист: можно потестировать. Binary_SS.rar 742.3 KB Исполняемый файл новой версии программы Там сложность в том, что придется сильно логику перегружать, программа сейчас сделана так, что она "надеется" на сознательность пользователя, что он ей будет скармливать корректные файлы. В будущем можно будет замарочиться и сделать прогу более "умной", чтоб она получше парсила файлы, "защиту от дурака" добавить разного рода. Но это не так просто делается. Нам сейчас важен результат для статьи, чем раньше, тем лучше. Еще, похоже, что в результирующей таблице может съехать верстка некоторых строк, из-за длинных идентификаторов fasta. Я могу их обрезать программно, как это для pdb/ent делается. или же их можно укоротить вручную для тех файлов (переименовать файл). Таких случая всего три у нас, те, что на скриншоте. 16:30 Александр Кушелев: Согласен А, это мой косяк. Я забыл удалить цифры перед символами в названии фасты. Исправлю. Благодарю! Будут тестировать.  16:33 Программист: окей 16:44 Александр Кушелев: Что-то у меня программа отработала, а результирующего файла я найти не могу... 16:47 Программист: Странно. А можете скрин консоли показать? Когда программа работает. Или быстро закрывается? 16:48 Александр Кушелев: Сейчас попробую. Где-то после двухсотых файлов окно пропадает. 16:50 Программист: Поправили те файлы, что выше написал? Похоже дело в helix.txt 16:51 Александр Кушелев:   Да, поправил 16:52 Программист: Покажите helix файл папки 316. Что-то с ним не то, похоже 16:53 Александр Кушелев: HELIX.txt 295 B   Да, там мой косячок. Ща исправлю. Отлично! Всё сработало! Буду тестировать дальше... Таблица с результатами расчёта корреляции для выборки из 500 белков.  17:07 Программист: Окей :) 17:18 Александр Кушелев: Файлы code-4.txt делаются отлично! Буду исправлять свои косяки и доделывать статью. Пока никиких проблем не заметил.   17:23 Программист: Рад это слышать! Надеюсь, что это ускорит написание статьи:) 17:24 Александр Кушелев: Уже ускорило 18 May 2024 12:07 Программист: Binary_SS.rar 770.8 KB 12:13 Александр Кушелев: Благодарю! Что на Ваш взгляд из наших планов можно реализовать проще и быстрее? А я определюсь с актуальностью... 12:55 Программист: А можете напомнить, что ещё стоит на повестке дня? И тогда попробуем определиться, что будет дальше 13:02 Александр Кушелев: На память помню прочистку папок от ненужных файлов. Это можно сделать отдельной программой. А мне ещё нужно будет этой программой прочищать вот такую структуру папок: От них должно остаться только это: Т.е. программа должна работать как минимум в двух режимах. 1. Удалять папки с конкретными названиями. 2. Удалять всё лишнее. 14:23 Программист: Это тоже будет отдельная программа? То есть нужна отдельная программа, которая будет работать в двух режимах? 14:27 Александр Кушелев: Да 1. Удалять что-то конкретное и 2. удалять всё ненужное 14:34 Программист: А речь идёт про папку data_for_correlation? Нужно будет пробегаться по всем её подпапкам и подчищать? 14:35 Александр Кушелев: Нет. Так неудобно. Я запускаю программу Пикотех, и она делает лишние папки с файлами. Их надо сразу удалить. А в режиме "удалить всё лишнее" действительно нужно пройтись по всем папкам 00001... Может быть даже имеет смысл сделать две разные программы 14:36 Программист: Да, хорошая идея 14:36 Александр Кушелев: Удалить конкретные папки с файлами из текущей папки и 2. Меня в первую очередь интересует программа удаления конкретных папок из текущей папки. 14:48 Программист: Хорошо, я понял. То есть будет программа (exe файл). Мы его помещаем в папку, запускаем и он чистит - удаляет некие конкретные вещи в папке. Верно понял? 14:49 Александр Кушелев: Да Удаляет папки с файлами. И желательно список имён папок задавать в конфиге.   clean_confic.ini 204 B  А следующая по актуальности задача - формирование кода-9 в цвете, например, в виде файлов htm, как это делает программа на Матлабе:   CAB1342638.html 10.5 KB Это - компактное представление, полученное по этой фасте: CAB1342638.fasta 940 B А ещё нужно будет развёрнутое, как в случае code-4, только code-9. В графическом виде для этой фасты это выглядит так:   CAB1342638.png 910.0 KB Алгоритм для кода-9 я могу рассказать. Он несложный. В идеале, конечно, желательно получить вторичную структуру не в виде html, а в виде png: https://i.ibb.co/BKJ6JqC/CAB1342638-P-0-b1.png Но может оказаться лучше сделать конвертер html в png на подходящем языке. А если быстродействие сильно пострадает, то интересно найти возможность формирования цветной графики сразу на C++ 15:48 Программист: Окей, спектр работ понятен. Начну с программы по очистке, а потом к цветной графике перейдем 15:49 Александр Кушелев: Отлично! Эта работа уже не в таком напряжённом режиме, т.к. для статьи существующая версия достаточна. Но это только для ближайшей статьи ;) 15:51 Программист: Это хорошо, на самом деле! Но постараюсь не тянуть сильно.  15:51 Александр Кушелев: Да. Напрягаться не нужно, но и мешкать тоже, если есть возможность... 15:52 Программист: Буду искать золотую середину:) 15:53 Александр Кушелев: Правильно! А если нам удастся прорваться в научный журнал, и пойдут заказы на структуры белков, то появятся и нормальные финансовые возможности. Тогда уже будет совсем другой режим работы. Ну и зарплату можно будет нормальную организовать. По международным стандартам. 16:30 Программист: Звучит интересно:) надеюсь, так и будет:) 16:30 Александр Кушелев: И я надеюсь      Приглашение к сотрудничеству На базе научного открытия нами создан онлайн-сервис по определению структуры белковых молекул. Теперь мы сможем зарабатывать вместе. По старой технологии определение одной структуры белка обходится примерно в 10 000 евро, а ждать нужно от 2 месяцев до 3 лет. По новой технологии структура определяется в 1000 раз точнее и в миллиард раз быстрее. 80% от найденного Вами заказа принадлежат Вам, как менеджеру. Наш лозунг: "В 1000 раз лучше, в 1000^3 быстрее и в 1000 раз дешевле!" Ваша задача заключается в размещении рекламы на онлайн-сервис белковых структур. Рынок этих структур очень большой и продолжает стремительно расти. Ежедневно кто-то оплачивает до 60 структур по средней цене 10 000 евро за штуку. Новая технология позволила на одном персональном компьютере за неделю определить структуры всех 115 000 белков человека, для которых известна нуклеотидная кодирующая последовательность. При этом качество результата, полученного по новой технологии в 1000 раз выше по точности, в миллиард раз по быстродействию и в 30 раз шире по номенклатуре белковых молекул. Единственное, что нам сегодня не хватает - рекламы. Как получить Вашу первую зарплату менеджера? Найти заказчика белковых структур  и убедить его заказать за счёт лаборатории Наномир пробный заказ. Когда заказчик распробует новую технологию, он начнёт делать коммерческие заказы. С первого коммерческого заказа менеджер получает 80%. С последующих заказов процент будет постепенно уменьшаться, но с первого заказа другого заказчика менеджер снова получит 80%. Зарплата менеджера может достичь миллиона евро в день. И это не предел.     Инвестирование научных проектов Приглашаем инвесторов и меценатов. Как продвинуть цивилизацию на новый уровень своего развития и получить при этом огромные прибыли? - Вложить деньги в научные разработки. Новейшие виды экологически чистых и мощных источников энергии, средство для продления жизни,  высокие технологии. Все это реально создать в ближайший год-два при наличии достаточного финансирования. Готовые коммерческие продукты   1. Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY 2. Сверхдобротные одномодовые диэлектрические резонаторы в т.ч. с большим диапазоном перестройки 3. Станки для производства высокодобротных одномодовых резонаторов  4. Технология изготовления сапфировых линз  5. Магнитный тороидально-сферический конструктор Проекты 01 Ruby Emdrive (Микроволновый двигатель без реактивной струи) 02 Ruby Power Source (Микроволновый источник энергии)  03 Средство продления жизни (Возвращение молодости) 04 Октаэдрический редуктор 05 Шестеренчатая передача Кушелева 06 Магнитный подвес-стыковка-герметизация модулей 07 Ионно-микроволновый фрактальный излучатель 08 Гибкий отражатель из жестких элементов 09 Энциклопедия "Наномир" 10 Экспертиза 11 Конструктивные компьютерные игры 12 Интеллектуальный кодовый замок 13 Очки кругового обзора 14 Тетраэдрический сканер 15 Программируемая архитектура 16 Источник энергии промышленной частоты 17 Источник энергии постоянного тока 18 Монокристаллическая видеокамера 19 Система определения активных участков белка 20 Тераваттный лазер непрерывного действия 21 Бактериальный синтез алмазов 22 Шестеренчатые передачи с тремя степенями свободы 23 Сверхсветовая связь 24 Безосевая шестеренчатая передача 25 Aктивный язык программирования 26 Телевидение миллиметрового и оптического диапазонов 27 Микроволновая архитектура 28 Компьютерный экран из автономных элементов 29 Чтение / запись ДНК 30 Сверхсветовая локация / зрение 31 Нейтрализатор акустического сигнала Коммерческое предложение:  Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок. Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB). В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.  Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами. Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структуре Вашего белка.  Сотрудничество может быть различным: - участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное) - совместное создание коммерческого продукта - поиск инвесторов - выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов  - конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир - содействие в проведении экспериментов и т.п. - написание совместных научных статей и т.п. - материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)   Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир. Telegram: https://t.me/nanoworldlab Приглашение в группу: https://t.me/nanoworld_discussion  WhatsApp: +7 926 850-54-22 mail: kushelev20120@yandex.ru О способах финансирования можно спросить по электронной почте и на телеграм-канале.  Огромное спасибо всем за помощь и поддержку!